河豚中含有河豚毒素及河豚酸，且毒素耐高温，经过一般的炒、煮、腌等烹制方法后毒性也不减少，可使人中毒致死。

腐败变质的鱼中含有大量致病菌及毒素，食后会引起肠胃病或食物中毒。另外，有些鱼即使未变质，食用时也要注意新鲜度，如鲤鱼、金枪鱼等放置时间过长，食用就可能引起组胺过敏，轻则出现皮肤潮红发痒，重则会发生头痛、哮喘等症状，甚至可能危及生命。

如痛风患者、出血性疾病患者、肝硬化患者、结核患者，应慎吃鱼，以免诱发或加重病情。有过敏症状的人也不宜吃鱼，否则鱼肉中的组氨酸进入人体，可能成为新的过敏原，加重过敏反应。

现杀的鱼，蛋白没有完全分解，味道不够鲜美，营养成分也不充分，所以最好用保鲜膜覆盖，放置4～5个小时再烹制食用，而且放置过程中也能使鱼肉中所含的某些毒素挥发殆尽。此外，刚宰杀的鱼有很多的寄生虫和细菌，在常温下或者在冰箱中储存4～5个小时，会杀死一部分寄生虫和细菌，食用起来更卫生。

孕妇、计划怀孕女性、哺乳期女性以及6岁以下婴幼儿，最好不要食用金枪鱼、牡蛎、海鲈、梭子鱼等海洋鱼类，主要是因其水银含量过高，食用后会影响胎儿和新生儿的神经系统发育。如果喜欢吃也要尽量少食，而且在烹饪之前要注意去掉鱼皮及脂肪，尤其是腹部和头部，并且要去掉所有内脏。另外还可以在烹饪前将鱼稍炸一下，以避免污染物进入鱼肉内。